ＥＣＦＡ簽了之後，為了少數高耗能、高污染而受益的產業（如石化、塑化、石油、煤、鋼鐵），台灣人貧（失業率將大增）、病（受高污染成癌）將如惡夢紛湧而至。
（一）根據二○○九年六月中經院研究報告「ＥＣＦＡ與台灣經濟效益評估」，指出受益產業中的產量變化率，由石油及煤產品 （七．八一四％）、鋼鐵（七．九五八％）、機械（十四．二七九％），到化學塑膠橡膠（十四．七五三％）。這些主要受益產業竟然都是高耗能、高污染、高二氧化碳、高有機揮發物及重金屬排放的產業。尤其，最為人詬病是，這些石塑化產業產品大多以外銷（包括中國）為主，然後把污染留在台灣。
（二）二○○五年經濟部委託成大研發基金所做的居民健康風險評估與二○○九年雲林縣環保局委託台大所做的報告，不約而同，結果相似，都表示空氣污染與影響居民健康「有顯著關係」。以國健局一九九五到二○○六年統計，致癌的人數每十萬人口標準化發生率，因地緣而衝擊最大的雲林及嘉義地區，從一九九五年便往上直升，高居全國致癌發生率之冠，比起花蓮及台東發生率高約二成。
（三）簽了ＥＣＦＡ後，二氧化碳排放量以每年較保守估計一成五的量快速增加（以國光石化加上台塑煉鋼這二家，每年就有二二○○萬噸），到了二○一六，每年二氧化碳排放將達四億噸。高二氧化碳的排放，台灣製產品，將可能受到包括歐盟等的制裁。ＭＩＴ產品若無法外銷，近三千億元環境成本又快速增加，這還不包括清淨污染及健康成本（民眾就醫及生態環境成本）在內。
除此之外，根據環保署資料，從一九九○台灣年平均溫度跟著二氧化碳排放是直線上升，簽ＥＣＦＡ之後不到十年，可預測的，台灣將是又熱，又擠，又「貧」。（作者為前行政院環保署長、現任台北醫學大學講座教授）
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