馬政府執政半年，最受人詬病的地方：一則在於向中國傾斜；一則是利用司法與警察暴力進行政治追殺，迫害人權。最新出刊的美國「國防新聞」週刊頭版以台灣回到戒嚴時期為題報導，台灣民進黨人士先後遭到逮捕，引發外界質疑國民黨政府在重新掌權後，再度對在野人士進行政治打壓。
馬政府上台僅半年，但人權的倒退，卻創下台灣民主改革以來最恥辱的紀錄。馬政府採取兩面手法，一方面標榜依法行事，一方面卻公然對抗議民眾施暴、箝制人民言論自由，拘捕、清算政敵，已對自由人權等普世價值造成嚴重的侵害，令人不寒而慄，憂心威權統治已經借屍還魂。馬政府以民主之名，赤裸裸的運用國家暴力，打壓人權，不僅引發國人強烈的不滿，國際主要人權團體亦紛紛發表聲明，呼籲馬政府必須儘速停止迫害人權的野蠻舉措，不要一意孤行。
在人權組織方面，著名民權團體「自由之家」日前發表公開聲明，建議台灣政府組成獨立調查委員會，調查中國特使陳雲林到台灣訪問時發生的警民衝突事件，貫徹民主制度應有的透明及責任；委員會並應檢討警方執法及「集會遊行法」爭議性條文，避免損害人民應有的言論及集會自由。該組織尤其關切馬政府對抗議民眾使用高壓手段，以防止中國代表團看見宣揚台灣或西藏獨立的旗幟，以及針對中國政權的廣泛批評。
國際人權聯盟（ＦＩＤＨ）亦認為，在陳雲林訪台期間進行和平抗議的台灣公民所遭到的拘留與攻擊事件，乃是以國家安全為藉口的拘捕與暴力事件，已經嚴重侵犯了人權。馬總統的哈佛大學恩師孔傑榮亦在報端發表文章，主張成立獨立調查委員會，以調查這些爭議事件的真相。另外，前美國在台協會理事主席白樂崎等多位國際人士聯名致函台灣法務部，關切台灣司法單位在查辦貪瀆案時，僅選擇性地針對前朝官員。易言之，馬政府使用警察暴力鎮壓人民，利用司法追殺政敵，辦綠不辦藍的偏差作為，也引起國際社會普遍關切與質疑。
然則，馬政府對於這些國際社會的質疑，以及國內的抗議，置若罔聞，不願給予善意的回應。學生自發性的串連，發起野草莓學運，進行無限期靜坐抗議，要求馬劉政府道歉，國安局長、警政署長下台，集遊法改為報備制。馬政府官員不但未道歉下台，對集遊法改報備制，亦未因擁有國會絕對多數席次加以兌現，使修法之日遙遙無期。而外界有關成立獨立調查委員會的提議，馬政府更是毫無任何表示，顯然也沒有採納的誠意。至於國際人士質疑辦綠不辦藍，法務部回函竟然辯稱貪瀆犯罪本來就是以執政官員為追查對象，只有執政者才有權勢、機會貪污，在野者並未任官，本來就不是貪瀆罪的規範對象，檢察官也無從查起。此種說法真是滑天下之大稽，試問首長特別費案，那些被檢舉的藍營政治人物，在使用特別費當時難道不是執政者？何以藍營特別費案，只有馬英九案件遭到查辦，而且亦以最有利於馬的標準作成無罪判決，其他藍營人士的案子則按兵不動，而綠營官員的特別費案幾乎一一遭到起訴？遭到違法羈押的綠營縣長，是地方執政者，但那些有案在身的藍營縣市長，不也是地方執政者，為何只有綠營縣長遭到收押禁見，藍營縣市長卻安然無事？ 由此可見法務部說詞的合理性，已經不攻自破，純屬狡辯而已。
總之，馬政府執政後，披著法治外衣，以國家安全為由，公然操控司法與警察，整肅政敵，迫害人權，眼前所見種種不可思議的現象，顯示台灣的民主政治已面臨崩解危機，白色恐怖的陰影重新籠罩在台灣民眾的頭上。此刻唯有民眾楬櫫人權自由的大旗，起而對抗馬政府加諸人民身上的體制暴力，一方面走上街頭抗爭，一方面向國際社會控訴，方可保住台灣民主，不讓我們及子子孫孫淪落在專制統治的鐵蹄下。
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