國務機要費的性質是什麼？在檢方偵結國務機要費案起訴第一夫人吳淑珍後，成了矚目焦點並引發極大爭議，未來法官如何認定，恐將關係判決結果，影響重大。
這筆經費的「性質」，就政治面，藍綠立場不同，看法兩極，藍軍認為，阿扁總統及吳淑珍涉及Ａ國務機要費，綠軍民進黨則認為，錢沒有流進私人口袋，只是程序瑕疵。
就行政面，審計部與主計處對國務機要費看法也南轅北轍，主計處認為，國務機要費的預算編列及支用，具機密、機要、特別費性質，部分可比照特別費，以領據報銷；審計部則不認同國務機要費具特別費性質，核銷必須有原始單據。
就歷史面，國務機要費幾十年來都「妾身未明」，過去國民黨執政時期，部分支出即不以單據核銷，審計部也同意；相關法規並未變動，為何民進黨執政後不行？
就現實面，依法規，首長特別費也應用於「公務支出」，而台北市長馬英九的市長特別費之半每月十七萬元，轉帳直接入私人帳戶，檢方也應依偵查國務機要費案標準，查個清楚明白，如涉貪瀆則訴究，無則還其清白。
就司法面，法院審理時，國務機要費性質可能成為是否構成貪污罪責的重要參據，也關係總統是否被判「政治死刑」，法官審判獨立，標準必須如天秤般不偏不倚！
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