由行政院與司法院會銜公布的新「偵查不公開作業辦法」（下稱作業辦法），在六月中旬正式施行。這個作業辦法，最初於一○一年十二月五日公布（並於一○二年八月一日修正一次），是根據當時的刑事訴訟法第二百四十五條修正，於一○一年五月二十五日增訂第五項：「第一項偵查不公開作業辦法，由司法院會同行政院定之。」而來。
但其實有關偵查不公開的規定，早在八十二年九月二十九日就有公布實施「檢察、警察、暨調查機關偵辦刑事案件新聞處理注意要點」（名稱後來改為「檢察、警察、調查暨廉政機關偵辦刑事案件新聞處理注意要點」）（下稱注意要點）。該注意要點用來規範偵查中案件之新聞發布相關事項。由於「作業辦法」與「注意要點」其中多有重疊條文。檢警等執法單位難免有困擾之處，兩者併行多年後，終於後者要點在一○八年三月二十二日廢止。
「作業辦法」與「注意要點」兩者比較之下，後者對新聞媒體友善多了。因為後者，第一條就說：「為期偵查刑事案件慎重處理新聞，…以便利媒體之採訪。」不無優遇媒體、顧及媒體（例如規定：檢察、警察、調查暨廉政機關，…應設新聞發布室，與偵查案件有關之新聞統一由發言人或其代理人於新聞發布室發布。各機關應設置記者休息室或適當處所做為媒體採訪地點，媒體採訪時以電話聯絡發言人到記者休息室或適當處所為之。）。但前者，著重之角度完全站在偵查之順利進行、保護嫌犯等之隱私與名譽以及日後受公平之審判。
追溯之所以有「偵查不公開之」規定，是因：從犯罪嫌疑人的立場而言，如果是冤枉的話，大量的犯罪新聞報導足以毀損其名譽，也使他在社會上難以立足。如果是確有犯罪，大量的犯罪新聞報導將使嫌犯或未曝光的犯人了解整個偵查對象、方向與作法，他們更有機會聞風逃亡，或串供或湮滅、偽造、變造證據。
因此偵查不公開，除了利於偵查的順利進行外，可以保護無辜的人士，當然很好。可是，對於新聞記者之採訪犯罪新聞，可能造成不便。如果是世所矚目或攸關眾人生命財產或其他事涉公共利益等的重大案件，新聞記者的追求新聞更成了龐大的壓力，例如民國八十六年四月十四日白曉燕被綁架案件發生後，從後來發現白曉燕已被殺害，到陳進興等數位嫌犯到處流竄，隨時再犯案，引起全國人民的驚惶恐懼。此時，實情若不由相關機關作適度公開，由新聞媒體作一報導，反而加深人民的恐懼感。因此，偵查不公開立意雖佳，但並非一成不變，而需作通權達變之處理（拙著大眾傳播法第五版第三百頁）。
在美國，由於美國聯邦憲法第一修正案規定：「國會不得制定法律剝奪言論或出版自由。」對於新聞自由予以保障。第六修正案則又規定：「所有刑事訟案中，被告有由發生罪案之州及地區之公正陪審團予以迅速及公開審判之權利。」賦予每一被告有接受公平審判之權利。此二條文使新聞媒體與司法界長期爭執不休：即是新聞自由與公平審判（Free Press vs. Fair Trial）之爭。
很多律師指責的是，在法院審判前，新聞媒體就大肆報導案件，使被告接受公平審判的權利遭受剝奪，因為可能的陪審員都有了偏見。新聞界及一些律師則反駁說，新聞媒體並非有害，甚至主張說，保障新聞自由的憲法第一修正案優先適用於憲法其他條款，包括第六修正案。由於大量的報導或廣播，幾乎使得被告在法院真正開始審判前，早已被新聞媒體「審判」了。這在美國是如此。但在我國因為不是採取陪審團制度，法官有其一定的抗壓性，也許媒體影響公平審判情況不是很嚴重。但是如果有一天我國也採取刑事案件陪審團制度，如何確保被告獲得公平審判，可能要更加重視。
公平審判，雖為理想，但要確實做到，卻頗為不易。原因之一是「徒法不足以自行」，法律是白紙黑字的條文，必須由自然人來推動、來運用，而自然人卻極易受到各種因素的影響。所以，做法官的自然人，在認定事實援用法律的過程中，難免因受影響而使裁判有所偏差。在許多因素中，新聞媒體往往也可能影響司法的公平審判。
這次新的作業辦法較舊法增加一些強制規定，也許將來會減少偵查不公開原則之違反。不過，新聞媒體不是訴訟關係人，不受作業辦法之規範，更因是第四權，站在監督政府的角色，又過於競爭而仍然會設法突破偵查不公開之限制，究竟會不會像美國一樣，最後演變成新聞自由侵犯之爭議，有待日後之觀察。
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