教育部於六月九日再以新聞稿釋復台大：重啟校長遴選。依照行政法制，台大雖向行政院提起訴願也不能停止行政執行；訴願法第九十三條第一項明文規定：原行政處分（行政行為）之執行……不因提起訴願而停止執行。抑且，由於台大、管中閔及台大學生提起的本件訴願，根本欠缺適格要件，行政院訴願會也可能會用「『程序性』的不受理訴願」而讓全案早日塵埃落定。關於本項法理與法制，謹作說明如后。
台大等人提起訴願欠缺適格要件，其情形有二：一是當事人不適格；二是教育部不接受校長遴選結果並不是行政處分。蓋查：台大、管中閔及台大學生都不符合訴願法所規定的當事人要件。因為台大在本案是以受教育部授權委任的下級行政機關地位（公法人），辦理校長遴選；這是一項公法行為而不能成為行政處分之標的。反面言之，台大在本案並不是以學校法人的私法人地位自己辦理遴聘校長，或例如台大招考學生或招聘職員就不是公法行為，就可以不受教育部的行政制約。至於管中閔與台大學生都非本件校長遴選案的當事人，渠等僅屬本件校長遴選的反射利益人而已，因此，管中閔與台大學生都不能成為本件訴願的適格當事人。
本案最重要爭點厥在：教育部於一○七年五月函復台大不接受校長遴選結果，這件函文並不是訴願法第三條所稱之「行政處分」。本項法理厥在：台大校長聘任權自始歸屬教育部；台大依大學法第九條進行校長遴選則不能被認定是台大排他的大學自治權。憲法第一百六十二條賦予國家對於教育文化的監督權；本項憲法條文也是大學法的立法授權母法。大學法第九條的校長遴選是教育部對於台大的行政授權行為，依據委任行政法理，教育部對台大仍然享有行政監督權，亦即對於台大校長遴選所涉行政瑕疵部分，教育部可以拒斥台大而不接受其遴選結果。台大的遴選瑕疵厥在兩點：一是管中閔故意隱匿台灣大哥大獨董身分而應構成「校長的『不適格』」；二是蔡明興違反行政程序法第三十二條第一項第二款後段的迴避義務，蔡明興就本件校長遴選事件與管中閔具有共同權利或義務之關係，蔡明興應該迴避遴選（「副董事長遴選獨董去當『台大校長』」）。以上管中閔與蔡明興二人在本件校長遴選事件中都涉有失格行為，自應構成教育部拒斥台大遴選結果的行政監督理由。教育部在本案係以上級行政機關對於下級機關（台大）實施行政監督，教育部的函文就不是行政處分。
由是言之，本案根本欠缺教育部行政處分之存在，本案焉有可被台大、管中閔及台大學生拿來做為訴願請求撤銷之標的？台大訴願不合法，其理盡在於此。
媒體標稱：「台大逆風提訴願，捍衛大學自主」云云；媒體標題用語的目的只在製造詆衊教育部的社會氛圍而已。大學法第一條規定：大學……在法律規定範圍內享有自治權。亦即大學自治不能脫法成為違法亂紀。
試問：國家可以容許台大遴選委員會公然縱容「管中閔『隱匿』獨董身分」暨「蔡明興『違背』迴避義務」嗎？台大校長遴選幾已變質成為財團公然收買及操控台大，教育部能不依據法制插手來管嗎？教育部引據「管中閔『隱匿獨董身分』」暨「蔡明興『違背迴避義務』」等兩項瑕疵而拒斥台大遴選結果，回函要求台大重辦遴選，這是教育部依據憲法第一百六十二條行使國家對教育文化的監督權力；也是教育部在要求台大應遵守大學法第一條第二項法制，才能享有大學自治，本案焉有侵犯憲法第十一條的學術自由或侵害台大的大學自治？台大訴願欠缺正當性，其理亦在於此。
憲法第一百六十二條是規定在第十三章基本國策的第五節教育文化，這是憲法總綱第十一條保障學術自由的特別規定。台大應該反躬自省：我們應該共同維護真正的學術自由與大學自治。台大放言：要讓台大校園在三年六個月內沒有校長；抑或台大將在行政爭訟程序中先對教育部實施假處分，即強制教育部聘任管中閔出任校長云云。這是把台大校長當做上市公司董事長的謀利職位在搶奪嗎？至於國賠？請台大打贏了訴訟再說吧！
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