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台灣大學校長遴選，出現明顯失誤，引發重大爭議，廣為各方關切，妥善解決爭議或重啟遴選程序的呼聲響起。基於「大學自主」，有人發起連署「抗議政治力介入」；也有教授呼籲「自己的學校自己救」，不待教育部或監察院糾正，台大召開臨時校務會議處理爭議，以落實校園自治，力保台大的公信力。
台大這次校長遴選，不論相關辦法或程序，都出現明顯缺失。更糟的是，事發之後，不論當事人或台大校方，對爭議與危機處理失當，不僅未能就問題癥結妥善說明，還強詞辯解，急求落幕而回應不合常識常理，以致爭議更大。當事人管中閔還沒當上校長，台大形象已嚴重受創。
爭議的兩大癥結，不僅「蔡董選管董」，還有「研討會文章不是論文」。其中，遴選委員蔡明興與候選人管中閔都是富邦集團旗下台哥大公司董事會成員，這一理應公開揭示並迴避的明顯利害衝突，當事人既未事前揭露，也不避嫌。怪異的是，這一讓整個遴選程序被蒙在鼓裡的關鍵瑕疵，事關程序正義，在現實社會已約定俗成，當事人及遴選委員會至今未做負責任的交代，發言人還以「遴選表格沒列私人企業職務」自辯，簡直把遴選校長當兒戲。
至於論文抄襲，管中閔掛名發表的研討會論文與學生碩士論文出現二十多處相同文字及圖表，且未註明出處，當事人宣稱「不知有那篇碩士論文」，台大學術倫理委員會論定「研討會報告不是正式論文」，不用討論抄襲與否的問題。這些搪塞之詞，更難服眾。當事人不知，反映掛名的草率與浮濫。更嚴重的是，按台大學倫會這一舉世鮮見的標準，非正式論文抄襲無妨，今後若學生交報告、教授參與研討會或投書報章都比照辦理，師生文章一大抄，台大將成文抄公（婆）樂園矣！
有網民就此評論，「哈哈！以後我賺大錢，也請個教授當自己公司獨董，然後拱他上台大當校長，再送我兒子去讀研究所，抄個別人論文就可以拿台大學位，真讚！」雖意在反諷，卻凸顯台大處理此事與一般人的常識常理嚴重背離；大學也許是「象牙塔」，卻不能與社會如此脫節。
二十一人組成的遴選委員會也出現問題。按現行運作，委員會有權無責，遴選過程不公開，投票不記名，出席、發言都不受檢驗，如今出了利害衝突與不知迴避的重大紕漏，台大師生卻仍對黑箱作業的遴委會毫無置喙監督的餘地。外界其實也很納悶，台大校友在企業界有成就且具清望者眾多，遴委會何以偏偏出現不知迴避的校友代表？
這次遴選發生瑕疵與爭議之後，「大學自主」眾所關切，連尚未核定當選人的教育部都遭媒體指「甘為政治馬前卒」。不過，「大學自主」固受憲法保障，並不等同於教育部須對缺失嚴重的台大校長遴選結果照單全收。這也是常識，但有人護航心切，拿「大學自主」與常識對撞，只是糟蹋了「大學自主」。以此對照參選人之一陳弱水質疑，「特定媒體本來有故事要寫，但劇情發展不如所想，就不客氣調換角色，編造與謠言」，指他是李遠哲的人馬，足見台大校長遴選過程與結果「離離落落」，介入的外力未必只有政治力。
台大身為台灣最久、最大、地位最高的大學，每年掌握約一百七十億元預算，加上收入三百多億元的台大醫院，這一高等教育龍頭校長遴選出現失誤與爭議，台大當局與教育部都不能視而不見，「把問題掃到地毯下面」，只求儘快落幕，而不做應有的補救及善後。對台大來說，只有以具體展現自治能力，以透明而誠信的作為，把遴選程序負責任地再走一趟，不論重起遴選會或校務會議，方足以彌補這次已然受創的公信力及正當性。
對教育部而言，最近不論公私立，大學校長的產生頻頻出現紛爭，顯見須有整體著眼，謀求通盤改進或解決之計。誠然，大學校長遴選紛爭，問題非始自今日，也與「選舉即（校園）民主」的政治文化有關，但在合法監督之際，積極增進大學自治能力，仍是必走的路。
